Die Ostsee ist erdgeschichtlich ein sehr junges Meer. Trotzdem gehen ihre allerersten Anfänge ca. 100.000 Jahre zurück, zum Ende der vorletzten Eiszeit (Saale-Eiszeit, 200.000 – 125.000 v.Chr.). Damals bedeckten gewaltige Gletschermassen Nordeuropa und auch das Gebiet, wo sich Jahrtausende später Ostseewasser sammelte. Diese Saale-Eiszeit-Gletscher und auch die Eismassen der letzten Eiszeit (Weichsel-Eiszeit, 80.000 – 15.000 v.Chr.) ließen in Schleswig-Holstein und Dänemark Endmoränen zurück, heute die Schleswig-Holsteinische Geest und das Schleswig-Hosteinische Hügelland. Damit war die Trennung zwischen der Nordsee und der entstehenden Ostsee geschaffen
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